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F155的共祖年龄还异变?



F155样本这么多,增加几个中国的外围样本就把共祖时间从2200年延申到3250年了。
Yfull现在还是显示2200年,魔方树已经3250年了。差异太大难以接受,分子钟理论太受样本影响了。
其他样本少的分支,岂不是共祖估龄根本就不准啊!?
117 条评论
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陌刀

16 评论

3

  • YFull

    2021-10-10
    你完全不懂算龄的原理,和探针、芯片毫无关系,算龄是根据各样本私有位点的数量平均算出来的,芯片样本无法参与算龄。

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  • 陌刀

    2021-10-10
    @YFull:你完全没看懂我说芯片设计的问题,我没说芯能影响算龄,我只是替很多旧版本的用户解释芯片技术局限性。

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陌刀

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2

九曲黄河

算龄就是个渣,变来变去。时间轴变了,溯源肯定溯不准!

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1

陌刀

其实样本增加,估龄有变化是必然的,但像F155这种样本量很大的分支还这么容易变化,有点意外。更意外的是,一下子变了1000多年,幅度惊人,那这共祖研究也太扯了。

9 评论

1

  • 孟悠

    孟悠

    2021-10-10
    从你的帖子看很明显你对snp估龄的基本概念还没搞清

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  • 陌刀

    2021-10-10
    @孟悠:你理解的估龄,就是误差多大都可以容忍?误差永远存在,但如果目前样本稍有变动就误差千年,说明现在这有限样本得出的分支都普遍不可信。

    3

晴朗

天气晴朗

可以明确地说,算龄误差是必然存在的,误差范围,有两个大的影响因素:一是它有多少等价SNP,二是新测出来分支的共祖年龄。并且,算龄这件事本身还受到检测时的质量影响,比如算龄覆盖长度、测试深度等因素影响。

5 评论

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  • 陌刀

    2021-10-11
    转了一圈,还不是样本的抽样率问题么。

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  • 晴朗

    天气晴朗

    2021-10-11
    @陌刀:也可以这么说,只有足够多的样本,才能更加准确

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远寒斋主 PRO

34 评论

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  • 孟悠

    孟悠

    2021-10-11
    我相信这一点他还是能理解的。他的问题在于尚未能把在有等价位点存在的前提下单个SNP在算龄中的作用搞明白

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  • 陌刀

    2021-10-11
    @孟悠:是的,我就是想知道F155这个单个SNP的估龄是否前后变化了,以及这个SNP估龄对这个分支的具体影响。

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陌刀

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  • 孟悠

    孟悠

    2021-10-11
    我的天..这么多人用这么多不同的角度给你解释,却还是死死陷在自己的错误理解中。沉下心来先看懂别人到底在说什么吧。

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  • 陌刀

    2021-10-11
    @孟悠:你精神大条了,下面几个都是支持我的质疑的。你看来根本不知道分子钟的贝耶森模型,不知道某个突变是如何单独算龄的。反复讲你什么等价位点,偷换概念。

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术书则

我们所说的单倍群年龄,一般是指最近共祖年龄,而不是该单倍群突变时的年龄,随着样本的增加,是可能拉高最近共祖时间

2 评论

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  • 陌刀

    2021-10-11
    目前方法就是有限样本下的推断的95%以上置信区间的共祖年龄范围,最后给的TMRCA单个数值是该范围的中位值。Yfull上标记的很清楚,F155的TMRCA的2200年是该组样本下的共祖范围的中位值。其原始结果是TMRCA CI95% (95%假设置信区间)2500-1995ybp。所以仅根据目前Yfull的几个有限样本,其2500年最高共祖也有95%以上的置信度,2200年仅是个中位值,理论置信度应高于95%。样本数量变化了,这个范围是肯定会变化。但目前魔方补充大量样本,范围就变化惊人。说明之前样本数根本不够,现在即使补充了样本,可能还是不够。这不受F155等价位点直接影响,恰恰相反,等价位点是每个位点估龄后临时定义的等价位点,不是绝对的。

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  • 陌刀

    2021-10-11
    应该是一定置信区间下的中位值,不是最近共祖时间。

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F7

f793/mf117612支系代理人

高通和中通差距大,不仅共祖时间变动大,有时候高通后都不在同一支系了

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F16212,C145190

现有F440>F254拆分F155,细分了而已,SNP还是那几个,发现更上游分层两层

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  • 陌刀

    2021-10-10
    那还不是这个突变的估龄变了,说法不一样而已。

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