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一种统计单倍群多样性分布的简易方法

常见的单倍群频率分布图因为受下游支系爆发影响,并不能很好的反映支系的起源地点。我们可以通过统计某一地区一级分支的种类数量,作为该地区此类单倍群多样性的参照,近期魔方放出的内测样本为多样性统计提供了可能。
以C-CTS10923为例,从魔方统计的频率分布图来看,C-CTS10923最高频的地区位于以贵州为中心的西南地区。通过对C-CTS10923的13个一级分支进行统计,其多样性的高频区则位于北方地区,一级分支种类最多的省份则是河南。
由此可见,一级分支多样性的中心一定程度上可能更接近于该单倍群的分化地区。


一、方法基本原理。
1.支系的扩散一般由分化中心向外逐步扩散。
2.不同支系发展的规模不平衡,扩散的方向不平衡。扩散范围较小的家族会更多的集中于靠近分化中心的区域。

二、方法存在问题。
1.该方法适用于由分化中心自然扩散的家族,不适用于大范围分封的家族。
2.该方法基于国内数据,不适用于境外起源与分化的单倍群。
3.一级分支越多越准确,单倍群分叉越少,统计结果的偶然性越大,目前测试样本整体偏少,同样会增大统计结果的偶然性。
4.由于不同地区人口增长速率差异,不同地区支系多样性保存情况会存在差异。
5.人群整体性移动对多样性中心的影响。
6.现有行政区域并非完全以人群的自然交流区域进行划分,不同地区人口总量,测试人数存在差异。从统计的几个支系的多样性分布来看,可能会偏向东部沿海地区。

三、修正方案:
1.为解决第三个问题,我们可以假设,发生初次分化的之后,1-2个SNP突变产生的一两百年内所分化的支系还未从中心地区大范围扩散,可以将其同样视为一级分支,以减少统计的偶然性。
2.为解决第四和第五个问题,我们不应简单的将多样性中心视作分化中心,但可以将其作为相对分布位置的参照,与其他单倍群的分布进行比较。
3.为解决第六个问题,在未来测试人数增加后需缩小区域划分以提高准确性。
13 条评论
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祝融OM188

希望能早日出来定量的数学方法,欢迎金融大佬和彩票行业计算师进入分子历史圈!

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2

庙底沟

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防晒霜

简单的说,就是某地区是某单倍群多样性最多的话,那该地很可能就是该单倍群的起源扩散地。

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孟悠

孟悠

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尹宏臣

说的很有道理

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问个题外的小白问题,我在网页或APP里只能看到自己所属单倍群的分布图,而且必须是有家族分类的,像楼主发的这种图,在哪个途径能看到啊。

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1

YFull

阔以

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影分身

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祥福

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张大哥

👍

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