公元前3500年左右，“5500aBP降温事件”席卷全球，先民被迫由高海拔地区迁徙至低海拔地区。面对突如其来的天灾，黄河中上游的黄帝族团措手不及，导致遗址数量锐减；除豫中之外的庙底沟文化演变为西王村文化（BC3600～BC2900），持续数百年的“庙底沟化”运动结束。豫西的荆山铸鼎原庙底沟聚落群因此衰落，黄帝族团迁往东面的豫中平原，吸收大汶口、屈家岭的文化因素后建立了大河村‑秦王寨文化（BC3300～BC2700）。
双槐树遗址（BC3300～BC3000）是大河村‑秦王寨文化的中心聚落，是黄帝最后的文化遗存。F12号房址前的门廊出现有北斗九星的遗迹，其中斗柄西南方标注的今已看不到的超新星就是景星；《河图》：“黄帝治，景星见于北斗也”，《史记》：“黄帝时景星见，形如半月，可以夜作”。《礼记·大戴礼》：“黄帝三百年”；《竹书纪年》：“（黄帝轩辕氏）一百年，地裂，帝陟”，《开元占经》：“黄帝将亡则地裂”。双槐树遗址持续三百年后，遭遇了一场地震，震级超过里氏六级；由于地震破坏，双槐树遗址衰落下来，惊慌失措的黄帝嫡系部族四散奔逃融入不同族群中，黄帝族团四分五裂、不复存在。公元前2900年，黄帝时代结束，与双槐树遗址的衰落时间较为吻合。
黄帝消亡后，大河村‑秦王寨文化的中心转换至郑州西山古城。《左传》：“郑，祝融之墟也”，《管子》：“昔者黄帝得祝融，辨南方，故使为司徒”，《山海经》：“（祝融）所司者万二千里”，祝融氏继承了大河村‑秦王寨文化的统治权。
公元前2900年，西王村文化演变为庙底沟二期文化，这已不属于仰韶文化的范畴了；随后，庙底沟二期文化东进开启“第二次庙底沟化”运动，大河村‑秦王寨文化衰亡、郑州西山古城废弃。辉煌两千年的仰韶文化走到了终点，黄河中游地区进入庙底沟二期文化时期（BC2900～BC2600），华夏集团再次陷入了混乱局面。庙底沟二期文化分三个类型：关东-豫西-晋南的庙底沟类型；关西的浒西庄类型；晋中-陕北的白燕类型。黄河下游一带则还有三个重要的文化遗存：豫中的大河村五期类遗存；豫北-冀南的台口一期类遗存；豫东的段寨中期类遗存。“第二次庙底沟化”运动对“5500aBP降温事件”之后分崩离析的华夏集团重新洗牌，各支系按照地域进行划分。各支系的差异越来越明显，日后发展为相对独立的不同的原始文化。
公元前3800年，后冈一期文化的蚩尤在涿鹿之战中战败身死，其残部退回山东半岛，直接使大汶口文化由早期（BC4500～BC3600）进入中期（BC3600～BC3100）；在大汶口中期，早期的王因类型演变为大汶口类型、刘林类型演变为花厅类型，分别对应少昊青阳氏、先薛氏族。胶东半岛出现北庄类型，可能是莱夷、嵎夷。
蚩尤强盛时，曾“于宇少昊，以临四方”，战败后残部则又退回山东；于是，在华夏集团的黄帝轩辕氏如日中天时，蚩尤长期的影响导致了东夷大乱。《国语·楚语》：“古者民神不杂。民之精爽，不携贰者，而又能齐肃哀正”。上古时代的原始部落，由于祭司（通常兼任部落首领）垄断整个部族的宗教信仰，精神秩序较为统一，故而神、民不相混乱。但是蚩尤九黎氏在东夷集团中强行施加自己的原始宗教信仰；史传中蚩尤崇牛，蚩尤便是人身牛蹄。而东夷集团以“太阳-鸟”为图腾，因而引发了东夷内部宗教信仰的混乱，各种乱象生根发芽。
以少昊青阳氏为首的东夷族，拥有獐、猪、狗、牛、鹿、地母等的崇拜，凿齿拔牙、枕骨变形、手握獐牙、口颊含球、随葬骨牙雕筒、封豨祭祀等的独特习俗。彼时的东夷族，上至精英阶层中腰悬骨牙雕筒、手执獐牙、主持各种原始宗教仪式的祭司人员，中至佩戴龟甲器、云游四方、既巫术驱邪又行医看病的巫医，下至随葬猪骨、祈求平安的普罗大众，大小巫随处可见，整个族群被各色各样的灵物崇拜与巫术迷信支配着。这也就是《国语·楚语》中记载的：“及少皞之衰也，九黎乱德，民神杂糅，不可方物。夫人作享，家为巫史，无有要质。民匮于祀，而不知其福”。
公元前3100年，黄帝族团的双槐树遗即将衰亡的时候，大汶口文化进入晚期阶段。笔者认为，大汶口文化晚期（BC3100～BC2600），对应五帝之一的颛顼高阳氏。《山海经·大荒东经》：“少昊孺帝颛顼”，“孺”即抚养。《水经·瓠子河注》：“昔颛顼自穷桑徙此，号曰商丘，或谓之帝丘”，穷桑是少昊的发祥地。上述记载说明，颛顼的族属是东夷。所谓“少昊孺帝颛顼”，实际上就是颛顼在少昊青阳氏所领导的东夷集团逐渐发展壮大，最后取代少昊、领导大汶口文化进入晚期的历史的映射。以秦、赵公族基因上溯，也证明颛顼为东夷族。至于颛顼是黄帝后裔之说，始于司马迁《史记》，是后世对上古历史和祖先记忆的重构。
《尚书·周书·吕刑》：“上帝监民，罔有馨香德，刑发闻惟腥。皇帝哀矜庶戮之不辜，报虐以威，遏绝苗民，无世在下。乃命重、黎，绝地天通，罔有降格”。《山海经·大荒西经》：“颛顼生老童，老童生重及黎。帝命重献上于天，命黎耳下地”。《国语·楚语》：“及少皞之衰也，九黎乱德…………颛顼受之，乃命南正重司天以属神，命火正黎司地以属民，使复旧常，无相侵渎，是谓绝地天通”。颛顼命令重、黎进行“绝地天通”，重新垄断宗教信仰崇拜，使东夷族的精神秩序渐渐恢复统一；这在考古学上表现为在大汶口晚期时，中期甚为流行的随葬獐牙、獐牙勾形器、骨牙雕筒、龟形器等特色习俗日益减少甚至绝迹。
《山海经·大荒西经》称：“颛顼生老童，老童生重及黎”，说重、黎是颛顼的后人。但《左传·昭公二十九年》称：“少皞氏有四叔，曰重、曰该、曰修、曰熙…………颛顼有子曰犁（黎），为祝融”，说重属于少昊氏、黎属于颛顼氏。这更说明了少昊和颛顼之间关系的密切。《左传·昭公二十九年》还提到黎担任祝融，祝融是官职名、即火官。司马迁的《史记》将重、黎误为一人，并说：“重黎为帝喾高辛居火正，甚有功，能光融天下，帝喾命曰祝融”。可见，黎在颛顼和帝喾时期担任祝融，或许就是郑州西山古城的祝融氏。郑州西山古城所在的大河村-秦王寨文化是吸收了大汶口文化因素的。
颛顼进行“绝地天通”后，东夷集团上下一心，生产力得到很大的发展和进步，随后产生了父权制和奴隶制。《淮南子·齐俗训》：“帝颛顼之法，妇人不避男子于路者，拂之于四达之衢”，颛顼立法巩固父权制以维持统治。泰安大汶口遗址的四座男女合葬墓，男尊女卑已经显而易见。
随着东夷实力猛增，大汶口文化在晚期开始强势扩张，主要向南、向西挺进，几乎覆盖了山东全境，除少昊青阳氏-颛顼高阳氏的大汶口类型、先薛氏族的花厅类型外，出现了许多其它类型：黄河北岸冲积平原上的尚庄类型；沂、沭河中上游的陵阳河类型，可能是莒夷，出现有城市（丹土古城）还有原始文字、贫富分化；潍、胶河流域的三里河类型，也是笔者的家乡，可能是史书中人通兽语的介夷；豫、鲁、皖交界处的尉迟寺类型，可能是淮夷，夏禹之妻出自淮夷涂山氏。
颛顼高阳氏统一山东后，目光移到了西方分崩离析的华夏集团，便“自穷桑徙此，号曰商丘，或谓之帝丘”，迁徙至中原，并向西方扩张。这时恰逢黄帝族团消散、大河村-秦王寨文化衰亡而颛顼如日中天之际。于是，公元前2900年，历史进入颛顼时代。
相对于西进的摧枯拉朽之势，东夷集团（O-IMS-JST002611）南下攻打百越氏族（O-M119）的战争则显得寸步难行。2万年前，O-M119从中南半岛沿着漫长的海岸线前进，却遭遇了末次盛冰期（BC22000～BC14000），O-M119饥寒交迫、靡有孑遗，熬过近万年才逐渐恢复。江西万年仙人洞遗址、广西桂林甑皮岩遗址才出现，却又遭遇“新仙女木事件”，被迫化整为零，从红河三角洲、珠江三角洲迁徙至长江三角洲。上山文化（BC9000～BC6500）兴起，却又遭遇“8200年冷事件”而消亡，跨湖桥文化（BC6200～BC4900）继之出现，却又因海侵颠覆。河姆渡文化（BC5000～BC3300）、马家浜-崧泽文化（BC5000～BC3300）出现；在公元前3300年，受“5500aBP”事件影响，演变为良渚文化（BC3300～BC2300）。兴建了浩大的水利工程后，良渚文明获得了惊天地泣鬼神的文明催动力，脱胎换骨、一飞冲天，成为与古埃及、两河流域并驾齐驱的早期文明。
于是，公元前3000年，面对大汶口文化的蚕食，在东苕溪流域的良渚遗址谷地，“良渚王”梳着高发髻，镶嵌着玉冠状器，左右臂佩戴着玉镯，右手持着一把豪华的玉权杖或者雕琢着神像的大玉钺，站立在高处振臂一呼，以神的名义发号施令，数以万计的百越先民齐声响应，一支由青壮年组成的百越大军正准备向北进发，从东夷族手里夺取富饶的江淮平原北部地区。
良渚人从长江北岸开始，沿江淮地区的东台薛庄遗址-兴化东古遗址-宝应水泗遗址-泗洪赵庄遗址-阜宁陆庄遗址-涟水三里墩遗址一线大规模反攻，整个过程中大汶口文化毫无还手之力，考古发掘工作展现出了一幅尸骸遍野、伤痕累累、刀林剑雨的骇人景象。
公元前2900年，良渚人抵达苏北的先薛氏族领地，攻陷了大墩子遗址、花厅遗址、高皇庙遗址及邳州梁王城遗址、新沂小徐庄遗址、沭阳万北遗址等重要的薛人遗存。大墩子遗址出土了四系罐、双鼻壶、玉璜、段石锛等良渚文化典型器物；花厅遗址出现极为奇特的“文化两合现象”，并出土良渚神徽，大中型墓里的统治阶级更换为良渚人，北区8座大墓发现20余具殉葬者的中国最早人殉实证反映了良渚人实行野蛮而残忍的原始奴隶制；梁王城遗址的房屋遭人为破坏、发现多具非正常死亡的人骨或头骨且有挣扎和叠压现象。
约公元前2800年，良渚人彻底占领江苏省北部地区，但已无力继续推进、仅对鲁中南地区产生文化传播影响，从此由盛转衰直至500年后灭亡。苏北破坏严重导致无法经营、花厅类型消失，薛人北撤、以滕州为中心转而经营鲁南，建立了大汶口文化鲁南遗址群，主要代表是滕州岗上遗址、滕州西康留遗址、枣庄建新遗址，并以之为基础在夏朝时建立薛国。